Michael, incarcéré avec Mahone, Bellick et T-Bag au pénitencier de Sona, découvre un endroit pire que Fox River, où les prisonniers sont livrés à eux-mêmes.
Les gardiens ont préféré se retirer à la suite d'une émeute survenue un an plus tôt. Et le nouveau chef, Lechero, voit d'un mauvais oeil l'arrivée de Michael, déjà en quête d'un moyen d'évasion. De son côté, Lincoln, libéré des charges qui pesaient contre lui, tente de faire sortir son frère de Sona en passant par le consulat. Mais il comprend vite que la situation est plus compliquée qu'il n'y paraît...
Episode 2 : L'Eau Et Le Feu
Le Cartel exige de Scofield qu'il fasse évader un prisonnier du nom de James Whistler. Accusé d'avoir tué le fils du Maire de Panama City, il craint pour sa vie et se cache dans les égoûts de la prison. Pour faire pression sur le génie de l'évasion, le Cartel retient en otage Sara et LJ... De son côté, Sucre est prêt à tout pour retrouver Maricruz tandis qu'à Sona, la pression monte parmi les détenus car l'eau vient à manquer...
Episode 3 : Le Chat Et La Sourie
Lincoln reçoit des photos de Sara et LJ retenus en otage au Panama ainsi que la visite de Sucre, désorienté et anéanti de ne pouvoir vivre près de Maricruz.
Maintenant, l'aîné des frères prend les choses en main à l'extérieur de la prison et négocie avec Susan un entretien téléphonique entre Sara et Michael - contraint de solliciter le concours de T-Bag dans l'enfer de Sona. Tiré d'affaire par Michael, James lui raconte son parcours jusqu'à cette prison tandis que Mahone ère, en proie à ses dépendances.
Episode 4 : Chacun Pour Soi
Malgré la gravité de la situation, Lincoln cache la mort de Sara à Michael et s'arrange avec Susan pour placer quelqu'un de confiance aux abords de la prison afin de préparer l'évasion de son frère et de Whistler. À l'intérieur, Michael a un plan.
Cependant, il doit compter sur le concours de Mahone, de plus en plus hanté par le fantôme de Haywire, et de T-Bag, revenu à ses anciens démons. Son plan inclut de provoquer une panne d'électricité à Sona, mettant une fois de plus la prison sous haute tension...
Episode 5 : Interférence
Un nouveau prisonnier arrive à Sona, Tyge. Il prétend connaître Whistler et sème le doute dans les esprits de Mickael et Mahone. Quoi qu'il en soit, l'évasion est programmée pour le lendemain, en plein jour, malgré les protestations de Lincoln. Ce dernier organise la fuite depuis l'extérieur avec l'aide de Sofia, la fiancée de Whistler, et de Sucre, le nouveau fossoyeur de la prison. Ils ont une journée pour sauver LJ...
Episode 6 : Le Dernier Combat
En dépit des pressions exercées, Michael menace d'annuler l'évasion prévue pour l'après-midi s'il n'a pas la preuve que Sarah est en vie. Cela, sans compter sur une complication de dernière minute derrière les barreaux de Sona : James Whistler est contraint à répondre du meurtre dont il est accusé. Et pour ne pas compromettre leur plan d'évasion, Michael doit rapidement l'innocenter auprès de Lechero. Pendant ce temps, Lincoln et Sofia s'emploient à soudoyer les gardiens. Et Mahone dispose d'une nouvelle opportunité pour sortir de cet enfer carcéral...